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在中华共和国的版图中，新疆、西藏及青海是三个边疆省份，也是三个不安定的省份。前清、宗教及外国势力交织在一起，对中央就不那么恭顺了。虽然成立了省级政府并派驻军队，但中央实际控制的地区很有限。这种局面由来已久，包括曾率湖湘健儿平定阿古柏叛乱的左文襄，也没有真正统一新疆。北疆还好，南疆的宗教势力一直很强，而且与俄国有着直接的联系。前清时期对于新疆实际是采取羁縻怀柔政策，1915年，新疆议员曾提出建立自治区的提案，未获通过。1916年，随着中央强力推行土地方面的一系列政策并策划成立新疆农垦兵团，引发了中央与当地权贵的矛盾。加上由于+远征军征俄带来的外交成果，被俄国控制的中亚地区政权担心中国乘俄国内乱而西进，加大了对新疆地区不满中央政策的渗透和武装支持，终于乘西北军区兵力被大批抽调出国作战之际爆发了武装叛乱。叛乱由喀什发起，席卷南疆，大批的汉族官员被杀。叛军最多时高达25万，中央震动，随即部署平叛。