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勋贵武将恨他一味的偏向文官，偏听儒生们的建议，拼命提高文官集团的地位，却裁军、压制武人，使开国勋贵子孙们的地位骤降。这主要是方孝孺对朝廷机构的改制带来的。首先，他将六部尚书从二品提到了一品，又在尚书和侍郎之间，加了个侍中之职，这使得六部尚书的地位大大提高。接着又大大提高国子监、翰林院和詹事府的编制和地位。这样做的目地分别是，加强对预备官员的儒家教育，提高翰林学士……也就是他们本身，在朝廷决策中的地位，以及加强对帝国继承人的教育和训练，使得以后的帝王更加听从文官的话。